山谷两日故事发生在明朝万历年间，德高望重受人敬仰的楚留香（朱孝天 饰）来到云来客栈，寻找天下第一美女鱼尺素，同在客栈的还有身为各门派帮主的左又铮、西门千，以及龟兹王爷扎木合等人。灾难忽然降临，客栈的一干人等均因为中了“天一神水”的毒而不治身亡。神水宫的宫南燕指认楚留香是幕后黑手。为了洗清身上的不白之冤，为鱼尺素报仇，楚留香开始调查事件的真相。