奈克瑟斯奥特曼剧场版在爱迪·奥特曼离开地球后的25年，人类终于渡过了名为“怪兽频出期”的恶梦，时间飞逝直到当一次怪兽袭来时，地球的全新防卫队CREW GUYS JAPAN队只剩一人幸存。　　在此同时，被奥特之父派遣来地球的宇宙警卫队新人梦比优斯·奥特曼来到了地球，并化身成“日比野未来”，与其他新加入的GUYS队员们，一同展开与怪兽决斗的战役。　　并透过未来的角度，描述了历代超人战士保卫着地球的过程，GUYS队员们的羁绊及梦比优斯自我成长的故事。