上帝也疯狂3故事讲述一个看起来非常平凡的幼稚园学生松崎小美有一个不可告人的秘密 ── 那就是她在自己的卧室里和一群不可思议的迷你动物生活着：天真活泼的小尔、喜欢胡闹的健太以及永不疲倦的依沙。他们是从异次元空间“动物横町”来的居民，不知何时在小美新家的卧室里建造了一扇可通往动物横町的秘密之门。而动物横町的其他角色也随之一一登场……