超时空要塞剧场版龙番市发生连环杀人案，死者均为女性，尸体无一例外的丢失了身体的某一部位。警法五人组不断穿梭于各大案发现场和解剖室中，寻找背后真相。暗黑的屋子，诡异的灯光，整齐摆放的透明玻璃罐里装的竟然是丢失的心脏！接二连三的命案，迷雾重重的案情，秦明将如何为逝者代言，讲述真相？面对不断杀人的凶手，最后的幸存者到底是谁？让秦明自责没有抓到的凶手和本案是否有关联？隐藏在死者身上的十字架和最后那句“十年前那个人回来了”究竟代表了什么？