源氏物语千年之谜变形联盟和海澄合力击败敌人，平溪市再次回归和平。然而时空能量异常波动情况却愈演愈烈，导致现实世界与平行宇宙发生交错产生了时空歧点，时空兽也随之出现。就在变形联盟忙于对付时空兽修复时空歧点时，茜卡与双子星汇合，策划了一系列针对变形联盟和平溪市的侵袭行动，也趁乱夺走沉睡在基地中的虫王卵。阻止时空错乱，抵抗浩肯星侵袭，面对双重压力和危机，变形联盟和海澄毫不退缩。但在一连串的强攻之下众人逐渐失去自我，在海澄的帮助下恢复斗志，最终一起击败强大敌人，守护了时空秩序与地球和平。