人体蜈蚣2完整版故事背景设定在至高共和国时代末期，一个充满“阴暗秘密与新兴黑暗势力”的世界。受人尊敬的绝地大师Sol（李政宰 饰）同昔日前绝地徒弟Mae（阿曼德拉·斯坦伯格 饰）深入调查绝地武士接连被杀害的真相，他们要面对的势力比预想中更加险恶，更不知不觉间走入黑暗漩涡之中……